Dengan dibentuknya Tim Satuan Pelaksana (Satlak) PI diharapkan penerapan/ pelaksanaan SPI di Politeknik Pembangunan Pertanian Yogyakarta Magelang Jurusan Pertanian dapat berjalan secara efektif dan efisien. Struktur organisasi dirancang untuk efektifitas, efisiensi, transparansi dan akuntabilitas, sehingga struktur organisasi SPI dirancang ramping, dengan tanggung jawab pengendalian, monitoring, evaluasi, pembinaan yang dilakukan secara berjenjang mulai dari Badan Penyuluhan dan Pengembangan SDM Pertanian hingga Politeknik Pembangunan Pertanian.
Pada setiap tingkatan dibangun jalinan kerjasama dengan instansi terkait, guna mendukung penerapan SPI sehingga tujuan dan sasaran program/kegiatan pengembangan SDM pertanian dapat tercapai. Operasionalisasi SPI diwujudkan dalam bentuk pengorganisasian SPI mulai dari pusat hingga daerah dalam rangka memfasilitasi koordinasi pelaksanaan SPI yang terintegrasi dari hulu sampai hilir.
Untuk menjamin arus monitoring dan evaluasi Pelaksanaan SPI di Politeknik Pembangunan Pertanian Yogyakarta Magelang Jurusan Pertanian, struktur organisasi Satuan Pelaksana PI digambarkan sebagai berikut:
